Кокшетауский университет  сегодня – это крупная система образовательных и научно-исследовательских учреждений.

В структуру университета входят:

• казахский лицей

• многопрофильный колледж

• научно-технический парк (ИИЦ и ОПУ)

• НЦ археологии и культогинеза

• центр тестирования и аудита знаний

• НПЦ спортивной медицины

• отделы (учебно-методический, СМК, международных связей)

• многопрофильная студенческая поликлиника и 2 медпункта

• типография (учебно-издательский центр)

• телевизионная и анимационная студии

• 12 специализированных кафедр

• НИЛ (радиобиологии, радиационной безопасности и химии, дидактики, этнопедагогики, информационно-коммуникационных технологий), 3 библиотеки.

Работают: СТО, Интернет-классы, Интернет-кафе, учебный финансово-банковский центр (ФБЦ), электронная библиотека, 4 читальных зала.

На праве собственности имеется 4 учебно-лабораторных корпуса, спортзал, спортивный манеж, крытый стадион, студенческое общежитие. Общая площадь учебных корпусов составляет 12045,4 кв.м. (из них учебных помещений 9217,5 кв.м.).

Площадь, приходящаяся на 1 студента из расчёта полезной площади, составляет 8,3 кв.м. (при нормативе не ниже 6).

Общая площадь спортивных помещений (спортзал, спортманеж и крытый стадион) составляет 2678 кв.м.

Книжный фонд составляет 232738 ед. (из них на гос. языке 66711). Объем книжного фонда на одного студента приведённого контингента составляет 142 ед. (при нормативе 140).

На базе университета действуют РООВЕ «Восточные единоборства», экологический центр «Эко-Кокше», студенческая туристическая фирма, издаются 2 республиканские газеты, 2 научно-методических журнала, периодический «Научный вестник Кокшетауского университета», многотиражка «Студенческая жизнь»

Созданы и действуют: центр молодёжи (КДМ), пресс-клуб, дебатный клуб, ДНД, ССО «Тарлан», педагогический отряд «Армандастар», СТЭМ, ССУ, лингвистический центр (изучение английского, французского и китайского языков).