Международное сотрудничество в университете реализуется на основании Концепции развития Кокшетауского университета и «Положения о порядке реализации международного сотрудничества учреждениями образования Республики Казахстан», утвержденного приказом Министерства образования, культуры и здравоохранения Республики Казахстан 11 августа 1998г.
Одной из важнейших задач международного сотрудничества в области образования является интеграция системы высшего образования Казахстана в мировое образовательное пространство. Творческий обмен достижениями и активное международное сотрудничество в области образования способствует интенсивному развитию университета. С этой позиции в Кокшетауском университете открылся отдел международного сотрудничества. Данный отдел координирует и систематизирует сложившуюся деятельность по международному сотрудничеству. Университет продолжает укреплять дружественные связи с известными учебными и научными центрами стран СНГ, стран Европы и Азии:
Лахтинский Исследовательский учебный центр (Финляндия);
Хельсинский университет (Финляндия);
Национальный совет по экономическому образованию (НСЭО) США;
Фонд Сорос-Казахстан;
Корпус мира США;
Международный фонд изучения тюркской культуры (Турция, г. Стамбул);
Новосибирский университет (Российская Федерация, г. Новосибирск);
Омская Академия МВД (Российская Федерация, г. Омск );
Омский Государственный аграрный университет, кафедра агрохимии
(Российская Федерация, г. Омск );
Тюменская строительная академия, кафедра ОБЖ и экологии
(Российская Федерация, г. Тюмень ).
Продолжается целенаправленная работа по осуществлению контактов и дальнейшему сотрудничеству с учебными заведениями, учебными центрами, правительственными и неправительственными организациями ближнего и дальнего зарубежья в целях развития образования.
Университет имеет соглашения по долгосрочному двухстороннему сотрудничеству со следующими ВУЗами:
Нарынским Государственный Университет (Кыргызстан, г.Нарын);
Киргизским государственным педагогическим университетом им.
Арабаева (Кыргызстан, г. Бишкек);
Институтом интеграции международных образовательных программ
КНУ им. Баласагына (Кыргызстан, г. Бишкек );.
Киргизским государственным институтом физкультуры
(Кыргызстан, г Бишкек);
Общественное объединение Белорусская экономическая ассоциация
(Беларусь, г. Минск );
Международный Центр экономического и бизнес
образования (Российская Федерация, г. Москва);
Институтом содержания и методов обучения Российской
Академии образования (ИСМО РАО)– (Российская
Федерация, г. Москва );
Лабораторией проблем дидактики математики, физики и информатики
Кокшетауского университета и лабораторией
математического образования ИСМО РАО.
Приоритетным направлением в развитии международного сотрудничества является подготовка высококвалифицированных кадров в зарубежных учебных центрах и учебных заведениях. На средства грантов и обменных программ за отчетный было направлено за рубеж на учебу, стажировку и повышение квалификации преподавателей, студентов и выпускников университета. По международной программе «Человековедение» Принца Ага Хана четвертого прошла стажировку Раушан Шайхина в г. Душанбе ( Таджикистан), в г. Бишкек (Кыргызстан ). По линии фонда «Сорос-Казахстан» Гульмира Кабдулина участвовала по программе «Подготовка тренеров по экономии» проводимой Национальным советом по экономическому образованию США в г.Москве, г.Киеве, г.Минске; Абильжан Токанович Хусаинов участвовал по «Глобальному экономическому фонду, в программе малых грантов по линии Проекта ООН». Жанузак Токушев участвовал в международном проекте «Международная академия экологической реконструкции». Токтарбай Омаров участвовал в международном проекте «Породоиспытание в Западной Сибири и на севере Республики Казахстан».